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已经扣除的短信通知费用是否可以退回，以及如何操作退款，需要根据具体情况进行分析。一般来说，有以下几种可能的情况。
1、若是因误操作导致的重复支付或错误支付，可以联系银行或相关服务提供商进行申诉和处理，部分银行对于此类情况可能会提供退款服务，但具体退款政策和流程可能因银行而异，需要向银行咨询详细信息。
2、如果因为服务提供方的原因导致的扣费问题，也可以尝试联系服务提供商进行申诉并要求退款。
3、如果短信通知服务已经取消，但费用仍然被扣除，也可以向银行或服务提供商提出申诉并要求退款。
具体操作流程可能包括联系客服、提供相关证据（如支付记录、交易凭证等）、说明情况并请求退款。
需要注意的是，如果已经支付的短信通知费用是因为合同或业务规则而被扣除，且没有违反相关服务协议，那么可能无法退回。
仅供参考，具体情况需要向银行或服务提供商咨询详细信息，并且根据实际情况进行具体操作，建议在遇到扣费问题时及时联系相关方进行处理，避免错过退款时限。